农资店交税的方式如下：
主税
按收入交5%的营业税。
附加税费
城建税按缴纳的营业税的7%缴纳。
教育费附加按缴纳的营业税的3%缴纳。
地方教育费附加按缴纳的营业税的1%缴纳。
个人所得税
按分配的红利缴纳20%的个人所得税。
增值税
农资行业的增值税是免税的，但需要按月申报。
其他税种
服务行业需要交缴纳营业税、城建税、企业所得税、个人所得税、土地使用税以及车船税等。涉及则交，没有的项目可以零申报。
个体户纳税起征点为5000元/月，如果不到这个金额，则不用交税。销售货物的起征点为月销售额600—2000元，销售应税劳务的起征点为月销售额200—800元，按次纳税的起征点为每次（日）销售额50—80元。从2002年开始全国统一为3000元；2003年起，统一为5000元。
税务登记与申报
开农资店需要办理个体工商户营业执照，销售农药的还要办理农药经营许可证。销售农药等产品需要根据规定缴纳税费，具体由当地税务部门进行核定征缴。
农资企业需要完成纳税申报表，填写税务登记表，收集税源清单，并向税务机关报送增值税申报表。税务机关在收到企业增值税申报表后，会根据表中的内容进行审核，确定应纳税款的数额，然后要求企业支付相应的增值税。
其他注意事项
农业生产者销售的自产农产品不需要交增值税。
印花税、耕地占用税、房产税和土地使用税等税种一般按季度申报，具体申报流程可参考相关税务部门的指引。
建议农资店在经营过程中，及时办理税务登记，并严格按照相关税法规定进行申报和缴纳税款，以确保合法合规经营。
注册资金多少才缴税