工程延误的计算方法通常包括以下几种：
实际支付期限与约定期限相减
如果承包人未按合同约定的期限交付工程，则构成工程延误。延误期限按实际支付期限与约定期限相减计算。
工期顺延签证或索赔报告
承包人能够提供工期顺延签证或索赔报告的，按照签证或索赔报告中审批同意的顺延天数顺延工期。
施工进度计划及延误事件证据
承包人仅能提供延误事件相关证据的，可以根据当事人提供的施工进度计划以及修订后进度计划，结合延误事件的相关证据材料，利用工期延误分析方法计算具体的工期顺延天数。
按工程量或造价的比例类推法
该方法适用于设计变更导致的工程量增加需要鉴定工期延长的期限等情形。但由于工程量或工程价款的变化并不必然会导致工期的变化，因此这种方法在具体适用中存在较大的不合理性。
直接认定法
适用于证据较为充足，记录较为明确的情况。将直接发生在关键线路上或一次性发生在一个项目上，造成总工期延误的天数予以确认。
误期赔偿费
根据《建设工程工程量清单计价规范》GB50500—2013，承包人未按照合同工程的计划进度施工，导致实际工期超过合同工期（包括经发包人批准的延长工期），承包人应向发包人赔偿损失的费用。误期赔偿费应列入竣工结算文件中，并应在结算款中扣除。
违约金
工程合同工期延误的违约金具体数额需要按双方所协商的条款来进行处理，一般按合同总金额的0.1%至0.5%合适一些，上限一般不超过主合同标的20%。
总费用法、分项法和因素分析法
用于计算工期延误损失的方法，具体包括按现行计价规定计算索赔值，按每个或每类干扰事件引起费用项目损失分别计算索赔值，以及将各指标按客观存在的经济关系分解为若干因素指标连乘形式。
停窝工时发生的索赔费用
包含机械费用、人工费用、材料周转费用、管理费用等。它是对整个工程（或某项目工程）的实际总成本与原预算成本之差额提出索赔。
在实际操作中，工程延误的计算方法应根据具体情况和合同约定来确定，以确保公平合理。建议承包人和发包人在签订合同时明确工期延误的赔偿方式和标准，以便在发生延误时能够迅速有效地进行处理。
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