可以扣车的部门或机构包括：
公安机关的车辆管理部门：
依据《中华人民共和国道路交通安全法》第七十二条和第九十一条，公安机关交通管理部门在接到交通事故报警后，有权扣留事故车辆，并需当场出具凭证，告知当事人在规定期限内到公安机关交通管理部门接受处理。同时，公安机关交通管理部门不得扣留事故车辆所载货物，但需对所载货物在核实重量、体积及货物损失后，通知机动车驾驶人或者货物所有人自行处理。
交警、巡警部门：
交警和巡警部门有权扣留机动车，具体情形包括：
上道路行驶的机动车未悬挂机动车号牌，未放置检验合格标志、保险标志，或者未随车携带机动车行驶证、驾驶证的；
有伪造、变造或者使用伪造、变造的机动车登记证书、号牌、行驶证、检验合格标志、保险标志、驾驶证或者使用其他车辆的机动车登记证书、号牌、行驶证、检验合格标志、保险标志嫌疑的；
无机动车驾驶证或者机动车驾驶证正证和副证被滞留期间驾驶机动车的；
酗酒、酒后驾驶机动车的；
持转借、挪用、涂改、伪造、冒领、失效的机动车驾驶证驾驶机动车的；
驾驶机动车驾驶证准驾车型不符的机动车的；
在患有妨碍安全行车的疾病或者过度疲劳时驾驶机动车的；
学习驾驶员学习驾驶人员没有教练人员随车指导单独驾驶的；
驾驶两轮摩托车未带头盔的；
机动车号牌或者行驶证系涂改、伪造、冒领、挪用、转借、失效的；
驾驶未经检验或者检验不合格的机动车的；
机动车无号牌和行驶证，且没有其他行驶合法凭证的；
机动车号牌或者发动机、底盘号码与机动车行驶证记载不符的；
造成交通事故或者有交通肇事以及其他违法犯罪嫌疑的。
城管部门、行政执法部门：
如果私家车参与营运并获利，这属于非法营运，则运管部门有权扣车，并可能进行罚款。
特殊部门：
例如军队法务部门、督察部门等，在特定情况下也可能有权扣车。
综上所述，可以扣车的部门或机构包括公安机关交通管理部门、交警、巡警部门、城管部门、行政执法部门以及特殊部门如军队法务部门、督察部门等。每个部门在扣车时都有其具体的法律法规依据和扣车情形，当事人在面对扣车时应当了解自己的权利和义务，并按规定进行申诉或处理。
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