少数股东在公司合并中的权益处理通常涉及以下步骤和原则：
个别财务报表的处理
对于母公司自子公司少数股东处新取得的长期股权投资，应按照“长期股权投资”准则的规定，作为不形成控股合并的长期股权投资，确定长期股权投资的入账价值。
合并报表的处理
计算增资前后的股权比例：确定增资前母公司和少数股东的持股比例，计算增资后母公司和少数股东的新持股比例。
调整控制性与非控制性权益的账面价值：根据增资后的持股比例，调整母公司和少数股东在子公司中的权益账面价值。
处理增资对价与资本公积的差额：计算少数股东增资的对价与增资后其应享有的子公司净资产份额之间的差额，并将该差额计入母公司的资本公积（或调整留存收益，如果资本公积不足）。
编制合并报表：在合并报表中，反映增资后的股权结构和权益变动情况。
特定情况下的额外处理
子公司存在优先股：若子公司存在优先股而未被母公司所持有时，也可将其与普通股中的少数股权合并列为少数股东权益。在合并抵消时，需要将长期股权投资和子公司权益类科目之间的差异先调整到资本公积，以使调整后的长期股权投资和子公司权益类科目能够抵平。
同一控制下的企业合并
在同一控制下的企业合并中，应采取管理和经济上的措施，界定控股集团与被控企业的资产组合情况，通过投资合同分配财产归属，加强少数股东权益的监督，以确保权益的尊重和保护少数股东的利益。
这些步骤和原则确保了合并过程中少数股东权益的准确反映和保护，同时也符合相关会计准则和法规的要求。建议在实际操作中，咨询专业的财务顾问或律师，以确保合并过程的合规性和透明度。
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