公司有多余发票的原因可能包括以下几点：
为了增加进项税额：
公司可能会开具大量发票以增加进项税额，从而减少应纳税额。这种做法在账面上可以降低公司的应纳税额，但前提是这些发票必须真实有效，并且不得多列支出，否则可能被视为偷税行为。
减少缴纳企业所得税：
企业可能会通过增加费用发票来减少缴纳企业所得税。费用发票越多，企业可以抵扣的税额就越多，从而降低应纳税所得额。然而，这种做法需要公司有足够的员工，并且必须确保费用发票的真实性和合法性，否则可能涉及偷税漏税。
低价处理库存回笼资金：
在2015—2016年期间，一些企业低价处理库存以回笼资金，部分消费者未索要发票，导致企业的申报销售额大于发票开票金额，从而产生了“富余票”。
未认证入账的发票：
有些发票可能因为未进行认证入账而变成多余的进项发票。这些发票可以在“增值税纳税申报表”里做上期留抵税额，但如果不进行认证抵扣，可能会被视为滞留票，存在偷漏税的风险。
年度末清算和税务筹划：
企业可能会在年度末清算并交纳企业所得税，通过开具发票来增加成本，从而减少应纳税额。发票也可以作为企业成本冲掉收入，计算企业所得税应纳税额。但企业需要注意不要虚开发票，以免造成账目亏损或税务风险。
隐瞒收入：
部分企业可能会通过瞒报收入来增加进项发票，从而达到偷漏税的目的。这种情况下，企业可能会将销售产生的款项私收，不进入公司账户，也不进行报税，导致账面上进项一直多。
综上所述，公司有多余发票的原因多种多样，但无论何种原因，企业都应确保发票的真实性和合法性，避免因不当操作而引发税务风险。同时，企业应合理使用发票进行税务筹划，确保税务合规。
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