银行凭证在使用和管理过程中存在以下问题：
设计缺陷
品种过多、分类过细、版本不一：纸质会计凭证种类繁多，划分过细，同一种凭证有数种版本，设计格式不统一，规格大小和联次各异，不便于账务处理和计算机软件的开发。
单式凭证问题：一笔经济业务涉及的科目分别填制在几张凭证上，一张凭证只做一个科目记账依据，导致会计处理复杂且容易出错。
审核标准不统一
凭证日期：上传的消费凭证日期必须是在借款以后，否则不予认可。
借款人姓名：凭证上客户姓名必须是借款人姓名，否则不予认可。
凭证金额：凭证金额要大于或等于借款金额，部分银行还要求凭证金额不低于借款金额的90%。
企业公章：票据上必须有企业公章才有效。
资金用途合规性：凭证资金用途要符合银行要求，通常只能用于个人消费，不能用于偿还其他贷款或投资理财等支出。
实际操作问题
种类繁多：由于银行业务自成系统、条块管理，导致凭证种类繁多，增加了管理和处理的难度。
凭证获取难题：通过柜员机转账汇款时，打印的交易凭条有时可能残缺不全，无法证明双方发生了汇款行为，且柜员机缺纸等因素也制约了凭证的获取。
电子凭证问题：网上交易快速发展，但网络上进行转账汇款无法获得纸质的凭条，需要通过网络金融服务提供商提供电子版的汇款凭条，这在诉讼时可能面临证据不足的问题。
内部控制和风险管理问题
票据签发环节问题：部分商业银行对企业提供的商品交易合同或增值税发票未严格审查，签发无贸易背景的银行承兑汇票，甚至违规拆分银行承兑汇票以逃避授权限额。
票据贴现环节问题：部分银行在办理贴现业务时放松对企业提交的增值税发票、商品交易合同的审查，导致为没有真实贸易背景的银行承兑汇票办理贴现，资金可能流入非生产经营领域。
系统和技术问题
制单序时控制：在制单时，如果凭证编号方式改为手工编号，则不受制单序时控制的约束。
外币设置问题：在外币设置中设置了浮动汇率，但在填制凭证时未能带出相应的汇率，导致汇率使用不当。
支票登记簿使用问题：使用支票登记簿时，需要指定银行科目、勾选票据管理、录入支票信息，但在填制凭证时未录入票号会提示错误，且不同版本的软件在处理上存在差异。
综上所述，银行凭证在使用和管理过程中存在设计缺陷、审核标准不统一、实际操作困难、内部控制和风险管理不足以及系统和技术问题。建议银行进行大规模的改进和整合，简化凭证种类和格式，统一审核标准，优化操作流程，加强内部控制和风险管理，并提升系统和技术水平，以提高工作效率和防范操作风险。
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